השנה - תרפ"א. מחלוקת קשה פורצת בירושלים ומאיימת לפלג את ציבור היראים בעיר. גדולי הדור ניסו כל הזמן לעצור את ההתדרדרות אבל הר' קוק לא שעה לדבריהם ומסר את השליטה על מוסד הרבנות בא"י לידי הבריטים וראשי התנועה הציונית שכל מטרתם בכפיפת מוסד זה למרותם היה הרס היהדות והחלשת עולם התורה בא"י כדי לרכך את ההתנגדות של גדולי הדור לתנועה הציונית.
י"ג אדר א' תרפ"א- בעוד יושבים יחד המומרים והכופרים יחד עם הבריטים והר' קוק בטקס הקמת הרבנות החילונית הראשית מקיימים יהודי ירושלים בהוראת גדולי ישראל יום תפלה וצום שבמרכזו תפילת כל הקהל בכתל המערבי להצלת ישראל מידי הקמים עליהם.
חודש לאחר מכן מגיע לארץ ישראל אחד מגדולי הדור המובהקים- רבי אברהם מרדכי אלטר זצוק"ל-האדמו"ר מגור. במסגרת נסיונותיו להשכין שלום בין יהודי ירושלים הוא נפגש עם שני הצדדים.
במכתבו המפורסם אשר כותב האדמו"ר מגור על האניה בצאתו מא"י הוא כותב לאחר שמגדיר את הר' קוק כ"אומר על טמא טהור" כי התווכח עמו רבות במיוחד על כך שנותן יד לפושעים כל עוד שעומדים במרדם ומחללים כל קדש. הוא גם מציין את תשובתו של הר' קוק לטענות האומר כי יחסו זה לרשעים הוא בבחינת הידבקות במידותיו של הקב"ה שגם עליו נאמר "אתה נותן יד לפושעים"....
האמנם היתה כאן מצד הר' קוק משנה סדורה של הידבקות במידותיו של הקב"ה? את התשובה לכך נקבל ממכתב גלוי (המפורסם בכל א"י ובחו"ל) ששולח הר' קוק לגדולי הדור בארה"ק רבי יוסף חיים זוננפלד ורבי יצחק ירוחם דיסקין זצוק"ל חודשים ספורים לפני פגישתו עם מרן ה"אמרי אמת". במכתבו מבקש הר' קוק מקני הדור שלא יעמדו מנגד למסירתו את הרבנות בידי הציונים והבריטים תוך שהוא מבטיח הבטחות סרק שאפילו בחייו לא עמדה בהן הרבנות הראשית וכל שכן אח"כ.
את המכתב פותח הר' קוק בקובלנה כלפי שני זקני הדור על שלא עשו מאומה כנגד אלה שפרסמו בחוצות את מעשיו והתבטאויותיו של הר' קוק בזה הלשון:
"אעפ"י שכבוד תורתם עברו עלי את הדרך לפי דעתי, והתנהגו עמדי שלא כפי הנימוס הראוי לתלמידי חכמים בנתינת יד לכותבי פלסתר המהפכים דברי קדש שיצאו ממני בתומת לב, לחרפות וגידופים בכ"ז אני סולח לכל מי שפגע בי וכו'...". [ראה צילום המכתב ב"מלאכים כבני אדם" של שמחה רז עמ' 91]
וראה זה פלא- כשהר' קוק נותן יד לרשעים מומרים ואפיקורסים המחרפים ומגדפים בע"פ ובכתב מידי יום ביומו את התורה הקדושה ואת נותנה, את חכמיה ומוסריה לאורך הדורות, מקרבם ומעריצם, מהללם ומשבחם בכתב ובע"פ, בדיבור ובמעשה אין זה כי אם "להדבק במידותיו של הקב"ה". אך כשגדולי זקני הדור נותנים יד לתלמידי חכמים מופלגים המקנאים קנאת ה' ותובעים עלבון התורה וחילול הקדש מאת הר' קוק הרי זה התנהגות שלא כפי הנימוס הראוי לתלמידי חכמים המחייב תוכחה גלויה כלפיהם "לכל בית ישראל בארץ ובחו"ל".
. והמהר"ם אריק [בעל ה"אמרי יושר" ו"מנחת פתים"] אמר פעם לתלמידיו: "כל חולה אפשר למצוא רופא בקי היודע הסימנים המובהקים כיצד לקבוע מהות המחלה, אם הלב חולה או העינים חולות וכד'. אבל יהודי שבחיצוניותו אין נראה בו פגם, לובש בגדי חסידות ואין מכירים אותו, האיך עומדים על מהותו אם נכשל ומכשיל בדעות כוזבות? אם יש לו חבילה של קושיות על צדיקי הדור או דורות שעברו, או להיפך, שיש לו חבילה של תירוצים ללמד זכות על כופרי זמננו או מדורות שעברו, זו הוכחה ברורה לעמוד על מהותו, ולאיזה כת הוא שייך". ["קול יעקב" עמ' פ' דרשות תלמידו רבי אברהם יעקב טייטלבוים, ניו יורק תשנ"ו] .ועל אחת כמה וכמה אם יש בו גם מזה וגם מזה שע"ז כבר אמר שלמה המלך ע"ה (משלי יז' טו'): מצדיק רשע ומרשיע צדיק תועבת ה' גם שניהם]