קושייתך מתחילה הרבה לפני הרמב"ם...
שכן בגמ' כבר מובא (בגמ' שבת ל:)שבקשו חכמים לגנוז את ספר "קהלת" של שלמה המלך עליו השלום אעפ"י שנאמר עליו "ויחכם מכל האדם" (מלכים א' ה' יא') וכן בקשו לגנוז את ספר יחזקאל מפני שהיו דבריו סותרין דברי תורה (שבת יג.) אילולא שחנניה בן חזקיה יישב הסתירות בדרשותיו. וכן היה לאורך כל הדורות שגדולי ישראל המה החליטו מה לקרב ומה לרחק ומי שריחק מה שקירבו הורחק בעצמו ומי שקרב מה שהרחיקו הורחק גם כן, ולעיתים לא היו כולם בדעה אחת וחלק החליטו לקרב וחלק החליטו להרחיק, ולעיתים בזמן מסויים חלק קרבו וחלק הרחיקו ואח"כ נתקבלו הדברים גם אצל המרחיקים או אצל תלמידיהם ולעיתים להיפך שבעבור הזמן הוסכם גם אצל המקרבים שיש להרחיק.
נמצאת למד- כל מקרה נידון לגופו ואם קבעו חכמי ישראל על אדם מסוים כי דבריו הם דברי מינות אי אפשר לבטל דבריהם רק בגלל שבעבר היו מקרים שחשבו כן אודות אדם מסוים ואח"כ חזרו בהם.
ואחרי שחכם הוחזק בחכמתו כאחד מגדולי הדור וכל שכן אחרי שהפך לאחד מעמודי ההוראה של כל הדורות הבאים אחריו גם אם יימצא בין דבריו דבר שאמר מסברא דיליה תהא סברתו זאת הלכה.
ולגבי מה שכתבת בסוף דבריך.קריאה שטחית בהלכות תלמוד תורה של הרמב"ם תעמידך על טעותך. וז"ל שם בפ"א הי"ב: "כיצד היה בעל אומנות והיה עוסק במלאכתו שלש שעות ביום ובתורה תשע, אותן התשע קורא בשלש מהן בתורה שבכתב ובשלש בתורה שבעל פה ובשלש אחרות מתבונן בדעתו להבין דבר מדבר, ודברי קבלה בכלל תורה שבכתב הן ופירושן בכלל תורה שבעל פה, והענינים הנקראים פרדס בכלל הגמרא הן, במה דברים אמורים בתחלת תלמודו של אדם אבל כשיגדיל בחכמה ולא יהא צריך לא ללמוד תורה שבכתב ולא לעסוק תמיד בתורה שבעל פה יקרא בעתים מזומנים תורה שבכתב ודברי השמועה כדי שלא ישכח דבר מדברי דיני תורה ויפנה כל ימיו לגמרא בלבד לפי רוחב שיש בלבו ויישוב דעתו".
בברכה, יואל.